O Museu de Paleontologia de Marília teve sua inauguração em 25 de novembro de 2004, pela prefeitura de Marília, após 11 anos de trabalho e coleta de fósseis pelo pesquisador William Nava. 

Nava começou sua carreira como paleontólogo em 1993, quando decidiu procurar fósseis por curiosidade e interesse e acabou por encontrar o primeiro fóssil na região de Marília, pertencente a um titanossauro, num trabalho pioneiro e inédito em todo o oeste paulista. Posteriormente, o pesquisador encontrou outros fósseis de dinossauros na região, além de registrar fósseis de duas espécies inéditas de crocodilos primitivos, nomeadas mais tarde como Mariliasuchus amarali e Adamantinasuchus navae, sendo este ultimo nomeado em sua homenagem.

Com enfoque na paleontologia da região (bastante rica em sítios paleontológicos), o Museu de Paleontologia de Marília abriga diversos fósseis e materiais importantes. Com o decorrer do tempo, Nava firmou parcerias com diversas universidades e instituições de várias cidades do Brasil, como Rio de Janeiro, São Paulo, Brasília, Porto Alegre e mais recentemente Los Angeles, nos Estados Unidos, para o aprofundamento das pesquisas relacionadas aos fósseis encontrados. 

Além das pesquisas, o espaço também promove a preservação e divulgação dos materiais nele exibidos. É um dos poucos locais do Estado a apresentar exposição permanente de fósseis verdadeiros de dinossauros. William Nava segue na direção do Museu de Paleontologia desde sua inauguração há 12 anos, já que a "cara" do museu é o próprio trabalho do pesquisador.

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